Tổng Giám đốc, Phó Tổng Giám đốc, 04 phòng nghiệp vụ, Xí nghiệp Đảm bảo an toàn giao thông và 06 trạm quản lý bảo trì đường thủy nội địa trực thuộc trú đóng, quản lý trên địa bàn tỉnh, thành: Thành phố Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Long An, Bình Dương và Tây Ninh. Cụ thể như sau:
